2019年現在、シンボルマークとコミュニケーションマークの二つがあります（参照：公式web）。
シンボルマークは長方形を四分割した形をしていますが、これは首都大学東京が、「旧東京都立大学」、「東京都立科学技術大学」、「東京都立保健科学大学」、「東京都立短期大学」の４大学を母体として新たに成立したことを視覚的に示しており、それら4大学の歴史を尊重する、という思想を読み取ることができるでしょう。
一方、コミュニケーションマークですが、これは2018年度ごろに制定されました。「盾」などと誤解されるケースが良くありますが、本質は青い部分の矢印だそうで、公式サイトによると、「主体性を持って活動する学生、高い研究力と教育力を持つ教員、大学の基盤を支える職員、それぞれの「自発の心」を表現しています」とされています。
このコミュニケーションマークは2020年度よりシンボルマーク(=校章)となることが発表されました。このシンボルマークの変更は、名称変更について「復活とか元に戻ることを考えたことはありません」と学長らが述べた通り、旧都立4大学からの脱却を明確に示す象徴といえるでしょう。
